1.初始成本过高。由于水肥一体化需要整体设计和安装，从而使得首次配备水肥一体化技术所需的成本花费高。

蔬菜大部分以一家一户农户经营，采用传统的膜下暗灌比较省事，不愿意投入资金购买水肥一体化设备。另外年轻力壮的大多外出打工，种植设施蔬菜的农户年龄大多在50岁以上，且妇女占多数，总体文化素质不高，对于新技术的应用还需要一定的时间接受。

2.水质和水溶肥料成为水肥一体化技术推广的限制因子。盐碱水或者过滤不完善的水会导致水肥一体化技术在应用过程造成盐渍化或者阻塞排水孔。如水溶肥料的水不溶物过高，则很容易导致滴灌系统中过滤器堵塞。

智能滴灌水肥一体化设备及其灌溉系统，对肥料的水溶性要求比较高，水溶性差的滴灌肥料容易造成设备损坏和滴管堵塞。在设施蔬菜部分基地应用中，存在应用价格低廉、水溶性差、有效成分含量低的水溶肥，以至于影响示范效果。

3.水量控制不准确。对于地下滴灌的灌溉者无法看到所应用的水，这可能导致农民或施加太多的水(效率低)或一定量的水不足。

4.滴灌塑料管道系统清理和易损性提高成本。用户需要将无法使用的滴灌带缠绕，处置，回收或再利用。强烈的阳光照射、霜冻和鼠害等因素会缩短滴灌管道的使用寿命。

智能滴灌水肥一体化设备及其灌溉系统中的PH值探头、EC值探头、电磁阀、过滤器等需要定期维护清洗，在生产中大部分基地不进行定期维护，对设备的寿命及精准施肥灌水造成很大影响。